Протоиерей Александр Мень убит утром 9 сентября 1990 г. на тропинке к железнодорожной станции "Семхоз". Неизвестный ударил его тяжелым предметом по голове. Священник дошел до своего дома, рядом с которым умер от потери крови. Предполагаемый убийца - пьяница и уголовник - якобы просто спутал о. Александра с другим человеком (священник был одет в гражданское платье).
Секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия игумен Лазарь (Солнышко). Правоохранительными органами по подозрению в убийстве был задержан сотрудник Отдела внешних церковных сношений Москвой патриархии. Но через два года был освобожден из под стражи из-за недоказанности обвинения.
Настоятель храма Рождества в Путинках игумен о.Серафим (Сергей Шлыков). 2 февраля 1991 года в квартире на Красносельской улице был обнаружен его труп. Похищены деньги, радио- и видеоаппаратура.
Три монаха Оптиной пустыни: иеромонах Василий, инок Трофим и инок Ферапонт. Убиты 18 апреля 1993 г., на Светлое Воскресение Христово, в Оптиной пустыни. Преступник Николай Аверин оказался дьяволопоклонником, который рассказал следствию, что получил "приказ от дьявола".
Настоятель храма Рождества Богородицы села Жарки Юрьевецкого района иеромонах Нестор (в миру Савчук Николай Иванович) убит в ночь с 30 на 31 декабря 1993 года в келье настоятельского дома. Тело было полностью обескровлено. После убийства пропала крупная сумма денег из дипломата иеромонаха Нестора, которая была пожертвована ему в этот день предпринимателями на строительно-ремонтные работы в храме. Убийцей оказался местный житель. Суд признал его невменяемым и приговорил к четырем годам лишения свободы.
Священник Георгий Зяблицев погиб в 1996 году. Он был убит по возвращении из-за границы в собственной квартире после нескольких часов жестоких истязаний. О. Георгий отвечал за католический сектор и много путешествовал по казенным делам, распоряжался значительными суммами денег.
Священник Анатолий Чистоусов, настоятель Михаило-Архангельского храма г. Грозный (с 21.03.1994), до рукоположения офицер Российской армии, - убит 14 февраля 1996 года в чеченском плену.
Протоиерей Александр Жарков убит в 1997 г. в Санкт-Петербурге. Следствие установило, что причиной убийства явилась борьба за храм св. Елисаветы и землю, на которой он был построен. Исполнители находились в контакте с некоторыми священнослужителями, желавшими получить храм.
Протоиерей Борис Пономарев убит 16 июля 1998 г. в деревне Ильинская Слобода Можайского района Московской области священник тремя рецидивистами. Ночью они ворвались к Пономареву, связали его жену и родственницу, а самого протоирея убили. Из дома священника были похищены дорогостоящие иконы.
Старообрядческий священноинок Димитрий (Расстегаев) убит в январе 1998 г . в Ярославской области. Причиной смерти стала квартира в Ярославле, которую молодой священник собрался продать, уезжая на новый приход в Белую Криницу. Бандиты, действовавшие под вывеской риэлтерской фирмы "Партнер", были пойманы через три года.
Настоятель храма в поселке Тура Красноярского края иеромонах Григорий (Яковлев) убит 21 марта 2001 года в Эвенкии, в Туре, в церкви Святой Троицы. Отсеченную голову священника преступник отнес в алтарь и бросил ее на престол. Личность преступника не установлена.
Настоятель сельской церкви Тихвинской иконы Божией Матери Московского патриархата 85-летний священник Илья Ефимов был убит в Татарстане 14 октября 2002 г . Его тело найдено утром в палисаднике собственного дома. Преступник ударил священнослужителя тяжелым предметом в висок. Травма оказалась смертельной. Причина убийства - ограбление.
Священник отец Герман убит 26 июля 2005 года в Чеховском районе Подмосковья. Его тело было обнаружено в келье монастыря Давыдова пустынь в поселке Новый Быт. Милиция предполагает, что священника убили с целью ограбления.
Cвященник Андрей Николаев, трое его детей и жена Ксения сгорели в ночь с 1 на 2 декабря 2006 года в собственном доме в селе Прямухино Тверской области. Одна из версий – поджог.
Священнослужители других конфессий:
Священник-лютеранин Геннадий Аркин убит 9 февраля 2002 пьяным сыном квартирной хозяйки с целью ограбления.
Абубекир Курджиев, член президиума Духовного управления мусульман по Ставропольскому краю, заместитель муфтия Ставропольского края убит 25 сентября 2006 года в Кисловодске. Прокуратура Кисловодска возбудила уголовное дело по пункту "ж" части 2 статьи 105 (убийство, совершенное группой лиц, группой лиц по предварительному сговору или организованной группой), статье 317 (посягательство на жизнь сотрудника правоохранительного органа) и части 2 статьи 222 (незаконный оборот оружия, боеприпасов и взрывчатых веществ, совершенный группой лиц по предварительному сговору) УК РФ.
РИА "Новости", 05.12.2006